Gyerekrák Genetikai Tesztelésének Tanulságai

Családi rák exome szekvenálás

A rákgenomika Absztrakt A következő generációs szekvenálási paneleket kifejlesztették az örökletes rák kezelésére, bár vita folyik azok költséghatékonyságáról az exome szekvenáláshoz képest. Két panel teljesítményét összehasonlítják az exome szekvenálással. Huszonnégy beteget választottunk ki: tíz azonosított mutációkkal kontrollkészlet és családi rák exome szekvenálás gyanúja áll fenn örökletes rákban, de mutáció nélkül felfedezőkészlet.

A TruSight Cancer 94 gén és az egyedi panel gén kiértékelését az exome szekvenálás mellett végeztük. A két panel és az exome szekvenálás során nyolcvanhárom gént családi rák exome szekvenálás meg. A változó hívás a standard beállításokkal azonosította a 10 mutációt a kontrollkészletben, kivéve az MSH6 c. A három megközelítés azonos számú variánst azonosított a megosztott génekben. A kiadások drágábbak voltak, mint a panelek, de további adatokat szolgáltattak.

A költség és a mélység szempontjából a panelek megfelelő lehetőség a genetikai diagnosztikához, bár az exokok a nem célzott gének variánsait is azonosítják. Bevezetés Az örökletes rák az összes rák kb. Körülbelül rák hajlamos gént írtak le az irodalomban. Az örökletes rákok genetikai tesztelése a személyre szabott vagy a precíziós orvoslás paradigmájává vált a rák területén 4, 5, 6, segít meghatározni az egyes családtagok kockázatát, és lehetővé teszi a család hatékonyabb megfigyelését, kezelését és nyomon követését 7.

Ezenkívül giardia fertőzés giardiasis) hordozók részesülhetnek a speciális műtéti és kemoterápiás kezelési stratégiákból is 8, 9.

papillómák, hogyan kell kezelni a testet férgek készítették gv vel

A rutin elemzéshez a következő generációs szekvenálás NGS bevezetése megváltoztatta a genetikai tesztelés koncepcióját és 10, 11, 12 szállítását. A Sanger-szekvenálást a genetikai diagnosztika arany standardjának tartották, ám ez fárasztó és költséges eljárás. Most már több tucat gént szekvenálhatunk hasonló időkereten és összehasonlítható költségekkel, csak egy nagy 13, 14 nagy gén Sanger-elemzésével.

Mint ilyen, a családi rák exome szekvenálás és közepes kockázatú gének bevonása a diagnosztikai szekvencia panelbe további releváns családi rák exome szekvenálás információkat szolgáltathat a 15, 16, 17, 18 családok számára.

Ugyanakkor elengedhetetlen az ACCE modell analitikus érvényesség, klinikai érvényesség, klinikai hasznosság és a kapcsolódó etikai, jogi és társadalmi vonatkozások alkalmazása új genetikai teszt diagnosztikai célú végrehajtásakor, függetlenül az új teszt műszaki lehetőségeitől és költség-előnyeitől.

A génpaneleket költséghatékony eszközként javasolták a genetikailag heterogén rendellenességek mögöttes genetikai okainak kezelésére. A teljes exome-szekvenálás ezzel szemben információt szolgáltat a genomban ismert összes génről, amelyek felhasználhatók az egyén életében, és hosszú távon költséghatékonyabbak lehetnek, különösen az egyetemes egészségügyi rendszerekkel összefüggésben.

Itt egy benchmarking tanulmányt mutatunk be, amelyben 24 mintát NGS-szekvenáltak három különböző megközelítés alkalmazásával a könyvtár felépítéséhez két örökletes rákpanel és egy teljes exome panel. Fő célunk az egyes módszerek relatív előnyeinek és hátrányainak felmérése diagnosztikai célokra. Eredmények Elemeztük 24 örökletes rákos gyanúval endometrium cisztarák beteget 1.

hpv vírus lecenje papilloma a kutyák bőrében

Az ismert kórokozó mutációk tíz hordozója, amelyek az NGS szempontjából kihívást jelentenek, kontrollkészletet alkottak; tizennégy további mintát szekvenáltak családi rák exome szekvenálás készletként.

Az I2HCP egy házon belül családi rák exome szekvenálás génből családi rák exome szekvenálás panel, amelynek célja az örökletes rák közepes vagy magas kockázatával járó gének kódoló exonjainak és intron-exon határainak lefedése. A SureSelect WES kit felhasználták az összes emberi kódoló exon megcélozására, ideértve a panelek által lefedett örökletes rákgének exonjait is.

Teljes méretű tábla A szimbólumok kitöltött negyede a rák által érintett betegeket jelzi minden szín egy adott típusra utal. A jelenlegi életkor, a halálkori életkor és a diagnóziskor zárójelben megadott életkor szintén részletezett. Teljes méretű kép Teljes méretű tábla Futási és leképezési minőség A minőség-ellenőrzés összefoglaló adatai azt mutatták, hogy a szűrő áthaladásának teljes száma nagyon hasonló volt a két panelen kb.

Táblázat is. A referenciaszekvencia a konszenzus kódoló szekvencia CCDS 23, amely fehérjekódoló szekvenciákat tartalmaz kiváló minőségű annotációkkal. Az elemzés céljától függően kiértékeltük a mindkét panelen és az exomenél közös 83 génkészletet S1. Táblázatvagy a közös gének sorozata plusz a 49 panelen lévő CCDS ID azonosító génkészletét, amely az egyik panelen és az exoménál vanösszesen gént. Teljes méretű kép Örökletes rákban, ahol csíravonal-mutációk várhatók, bázisonként 30 olvasást kell tekinteni a minimális lefedettségnek a továbbiakban: C30 a magas érzékenységű heterozigóta kimutatáshoz.

A C10 bázisszázalékot szintén ábrázoljuk, megmutatva a WES feltételezett potenciálját, ha mintánként több leolvasást kapunk, vagy ha egy Whole Exome elfogókészletet használunk, amely az orvosi szempontból releváns géneket támogatja. A három megközelítés teljesítményét tovább hasonlítottuk, figyelembe véve a cél és családi rák exome szekvenálás cél nélküli leolvasások százalékát szemben a saját célpontokkala gén DxROI lefedettségi egységességét és az átlagos olvasási mélységet.

A diagnosztikai minőségi szabványok 25 szerint minden olyan régiót, amely nem éri el a szükséges Cot, Sanger-szekvenciával kell szekvenálni; A WES átlagosan fragmenst adott mintánként, hogy a Sanger-szekvenálást a 83 közös gén teljes készletére szekvenálni lehessen, míg az I2HCP és a TSCP 9, illetve 19 eredményt adott S3.

A gazdagodási hatékonyságot a GC-tartalom függvényében szintén kiértékeltem, különféle mintákkal figyelve a befogási módszerek között S4. Teljes méretű kép Változatos észlelés Egy mintánként átlagosan variánsot 85— tartomány találtak a kódoló régiókban, plusz a közös génekből származó két intronos környező bázist kanonikus illesztési helyek S5.

Elsősorban kis a vastagbél természetes méregtelenítése olvasathoz kapcsolódtak, és a változó hívásoknak tulajdoníthatók az adatokat nem tüntettük fel. Változatos észlelés a vezérlőkészletben A standard beállítással történő változó hívás azonosította a kontroll megközelítésben szereplő 10 patogén mutációt a három megközelítéssel, kivéve a TSCP c. A SAMtools azonban ezt a variációt hívta, amikor a p-érték küszöb paramétert 0, 5-ről 0, re változtatta.

Változatos észlelés a felfedezőkészletben A felfedezőkészlet 14 mintájának összesen egyedi nem csendes kódolási és kanonikus illesztési helyváltozatát azonosítottuk a panelgénben. Mindezeket a mutációkat Sanger szekvenálásával megerősítettük és a három platformon kimutattuk, kivéve a BARD1- ben egy olyan értelmetlen mutációt, amelyet a TSCP nem azonosított, amely nem tartalmazza ezt a gént.

Meg kell jegyezni, hogy a kimutatott feltételezett patogén mutációkról - az ATM összeillesztési hely variánsának kivételével - korábban rákos összefüggésekről számoltak be lásd az S5. Táblázat referenciáit. Annak alátámasztására, hogy ezek a variánsok felelősek lehetnek a megfigyelt fenotípusért, lehetőség szerint mindegyik családban elvégezték a szegregációs vizsgálatokat, a rendelkezésre álló tumormintákban a variáns LOH mellett 1.

Noha a családok klinikai információja jó volt, korlátozott számú DNS-minta állt rendelkezésre más érintett rokonoktól. Az MSH2 mutáció minden rendelkezésre álló érintett rokonban és két érintetlen rokonban is jelen volt.

Az elemzésre rendelkezésre álló három daganatmintában nem volt nyilvánvaló LOH. Végül, amint az várható volt, a WES számos olyan variánst észlelt, amelyek várhatóan magas vagy mérsékelt hatást gyakoroltak számos olyan génben, amelyek nem tartoztak a panelekbe S7. Ezen variánsok közül tizennégyet detektáltunk a hét családból hatban, amelyek negatívak voltak a panelgének nagy valószínűséggel káros mutációi szempontjából. Férgek férgek elleni gyógyszerei, hogy ezek közül az esetek közül kettőben a genom POLQ vagy a kromatin SETD4 stabilitásában részt vevő gének változatát fedezték fel, tehát ezek az eredmények új lehetőségeket nyitnak a rákérzékenység vizsgálatára.

A megközelítések és a fordulási idők összehasonlítása Vizsgáltunk a fogyóeszközökről, a számítástechnikáról, az adattárolásról és az időszükségletről az általános szekvenálási és elemzési folyamat során, hogy meghatározzuk a szekvenálási lehetőségek és a fordítási idő durva összehasonlítását a három megközelítésnél 2. A szekvenálás ára és a mintánkénti futási idő az adott szekvenálási opcióktól függ 2. Lényeges, hogy a WES megközelítőleg tízszer több szekvenciát igényel.

Az adattárolás szempontjából a panelek eredményei mintánként átlagosan 2 GB adatot generálnak, míg a WES mintegy 20 GB mintát eredményez. Noha a számítás CPU ideje az igazítások és a változatok listáinak megszerzéséhez megközelítőleg kétszeres a WES esetében 2.

papilloma betegségek hpv a szájban jelek

Vita Ez a tanulmány az örökletes rák szindrómák és a WES ad hoc paneleinek átfogó összehasonlítását mutatja be a klinikai diagnosztikai környezetben, ahol magas színvonalú minőségre és pontosságra van szükség, valamint a laboratóriumoknak nyomást kell gyakorolniuk, hogy több vizsgálathoz rövid fordulási időt biztosítsanak.

Mivel a szokásos kereskedelmi készletek kialakítása és protokolljai fixek, nincs sok tennivaló bizonyos régiók lefedettségének javítása érdekében a felhasználó szempontjából. Ezért a rossz minőségű vagy rossz lefedettségű érdekes régiókat alternatív technikákkal kell elemezni. A WES 24 potenciálisan káros mutációt azonosított a 14 szonda között.

A teljes finn örökletes emlőrákcsaládok szekvenálása

E megállapítások értékét nehéz megbecsülni, ám ezek a diagnosztikai odüsszét befejezhetik és véget vethetnek, és rávilágíthatnak családi rák exome szekvenálás többszörös mutációk összetett káros hatásaira is. A magas színvonalú követelmények elengedhetetlenek a klinikai diagnosztikai környezetben. A panelszekvenálás és a WES közötti kritikus különbség a lefedettség.

Normál körülmények között a WES célja az átlagos olvasási mélység körülbelül × 29, 30, míg a panelszekvenálás általában — × 14, 27, 31 tartományba esik. Mint ilyen, a diagnosztikai minőségű eredményekhez szükséges Sanger-szekvenciák száma növekszik a WES esetében, ezáltal növeli a teszt összköltségét. Figyelembe kell azonban venni, hogy az I2HCP testületünk a fejlesztéshez és az érvényesítéshez olyan költségeket igényelt, amelyek itt nem szerepelnek, és hogy a TSCP és a WES mindkettő csak kutatási célokra van címkézve, ami azt jelenti, hogy a felhasználó laboratóriuma általi megfelelő érvényesítésre van szükség, mielőtt diagnosztikai beállításban alkalmazható.

Másrészt a panel adatok eredményeit könnyebben lehet értelmezni, mint a teljes WES eredményeket, mivel kevesebb gént vesznek figyelembe, és többet tudunk családi rák exome szekvenálás mutációs spektrumáról és klinikai jelentőségéről a rákban. A WES javára azonban kétlépéses megközelítést lehetne alkalmazni a bioinformatikai elemzésben azáltal, hogy először azonosítják a feltételezett patogén variánsokat a jelölt gének listáján, mielőtt megvizsgálnák az ugyanazon kísérlet során kapott többi exome gén szekvenciáját.

Más mutációkat, például nyirokméregtelenítő vélemények példányszám-variációkat CNV azonban nehéz kimutatni ezekkel a módszerekkel. Ezért a diagnosztikai munkafolyamatunk magában foglalja az MLPA-t Multiplex Ligation-függő próbaerősítés a klinikai szempontból legfontosabb géneknek. Más alternatív technikák, mint például az aCGH tömb összehasonlító genomi hibridizációnagyobb áteresztőképességgel, de alacsonyabb felbontással, más megvalósítható lehetőségek.

A fordulási idő fontos a klinikai körülmények között. Több rák típus esetén gyorsan meg kell szerezni az eredményeket, mivel a kemoterápia azaz a BRCA státus és ppt helmintológia PARP gátlókvagy a műtéti döntések a mutáció státusától függenek 8.

paraziták elleni helminták incidencia enterobiasis

Ugyanakkor elvégezhető az exóma részleges elemzése is, amely egyenértékűvé tenné azt. A szekvencer típusa és a futási idő szintén fontos szempont: a panelek szekvenálhatók egy benchtop NGS szekvencerben, mint például a MiSeq Illuminamíg a WES- nek nagyobb szekvenálási teljesítményre van szüksége, amint azt a HiSeq biztosítja, vagy egy újabb szekvencer, ami nem mindig kivitelezhető klinikai laboratóriumok 2.

helmint fertőzés férgek kezelése gyermekeknél és felnőtteknél

A szekvenálás költsége azonban a MiSeq esetében magasabb, mint a HiSeq esetében. Egy adott teszt klinikai hasznossága kritikus a módszer kiválasztásakor. A feltételezett véletlenszerű megállapításokkal kapcsolatos etikai kérdéseket meg kell fontolni és meg kell vitatni a beteggel, mielőtt genetikai tesztet rendelnének 10, 33, Noha az elmúlt évtizedben jelentős előrehaladás történt a több rákos szindróma molekuláris alapjának megértésében, ezen ismeretek klinikai megfigyelésbe és a betegek kezelésébe történő átültetése továbbra is korlátozott.

A több rákgén mutációival kapcsolatos kockázatok még mindig ismeretlenek, megnehezítve a genetikai információk felhasználását a napi betegellátásban. Mivel a WES mutációkat derít fel az ismeretlen génekben, továbbra is fennáll bizonyos fokú bizonytalanság, amelyet kezelni kell. A célgének ad hoc panelek segítségével történő elemzésének előnyei vannak, mivel ezek a családi rák exome szekvenálás érdeklődésre számot tartó régiókra összpontosítanak, és klinikai színvonalú eredményeket hoznak kedvező áron.

kosár féreglyuk pinwormok képei a székletben

Mivel azonban tudásunk növekszik, gyakran frissítésekre van szükség. A WES ezzel szemben azonosítja az érdeklődésre számot tartó változatokat, bár egyes régiók nem érik el a klinikai érzékenységet; az egyéb klinikai szempontból releváns megfigyelésekre vonatkozó információ azonnal rendelkezésre áll, és frissítésre alig lesz szükség.

Mód Betegek és a DNS extrakció Összesen 24 érintett egyént választottunk olyan nem kapcsolódó családok közül, akiknek a családja rákos kórtörténettel jár, és részt vesznek a rák genetikai tanácsadó egységeinken. Tíz eset volt pozitív a technikailag kihívást jelentő mutációk szempontjából kontrollkészlet.

A fennmaradó 14 negatív volt egy vagy néhány jelölt gén rutin elemzésében szokásos Sanger-szekvenálással felfedezőkészlet. A módszereket az elfogadott iránymutatásoknak megfelelően hajtották végre. A fragmentum méretét — bp és a mennyiséget Agilent Bioanalyzer chippel igazoltuk.

A fragmentált DNS-t végül javítottuk, adenyileztem és ligáltuk Agilent indexelő-specifikus páros végű adapterekhez. A könyvtár végső méretét és koncentrációját Agilent Bioanalyzer chip-en határoztuk meg.

Röviden, az egyes DNS-minták 50 ng-jét enzimatikusan fragmentáltuk, és az adapterszekvenciákat adtunk a végekhez. A fragmentált DNS-t megtisztítottuk, és a klaszterek létrehozásához és a szekvenáláshoz szükséges vonalkódokat és általános adaptereket PCR-rel adtuk hozzá.

Tisztítás után mind a 12 DNS könyvtárból ng-t egyesítettünk. Ezután a könyvtárakat kétszer hibridizáltuk specifikus elfogó próbákkal; a nem hibridizált anyagot elmostuk, és a befogott fragmenseket PCR alkalmazásával amplifikáltuk, majd tisztítottuk. A dúsított könyvtárakat Qubit 2. A könyvtárakat hígítottuk és összegyűjtöttük, hogy megkapjuk a végső szekvenáló ekvimoláris készletet.

  • Absztrakt Célja: A Nemzeti Diagnosztizálatlan Betegségek Intézeteiben résztvevő család exome-szekvenciájú adatait felhasználva értékeltük a jelenthető véletlen szekvencia variánsok számát és öröklési módját.
  • Gyerekrák Genetikai Tesztelésének Tanulságai
  • Mik a gyógymódok a paraziták ellen
  • Gyomorrák Absztrakt A gyomorrákra kifejtett genetikai hajlammal rendelkező személyek felismerése lehetővé teszi a megelőző intézkedéseket.

A képanalízist, az alaphívást és a minőségi pontozást minden esetben a gyártó valósidejű elemző szoftverével RTA 1. Következő generációs szekvenálás: Adatelemzés, Variant Calling és Prioritások Ugyanazokat az algoritmusokat és beállításokat használtuk mindhárom megközelítésnél. Az olvasmányokat a végétől az első bázisig keményen megvágták, és legalább Minőségeik voltak. Az igazítási.

Gyerekrák genetikai tesztelésének tanulságai

A Processed. Az emberi dbSNP Tekintettel a WES- ben azonosított variánsok számára és annak fontossági sorrendje érdekében a variánsokat több szigorú kritérium szerint szűrtük S8.

Az ezeknek a kritériumoknak megfelelő változatok közül az SnpEff v. Az emberi limfocitákat tenyésztettük puromicin távollétében vagy jelenlétében Sigma Aldrich, St. A reakció körülményei 5 perc 65 ° C-on, 10 perc 25 ° C-on, 50 perc 42 ° C-on és 10 perc 70 ° C-on. A következő PCR-t 2 μl cDNS-keverék felhasználásával hajtottuk végre, a specifikus primerekkel, amelyek megcélozták a kérdéses régiót S9. Az örökletes rák genetikai tesztelésére szolgáló teljes exome szekvenálás és ad hoc tervezésű panelek összehasonlító értékelése.

Kiadó megjegyzés: A Springer Nature semleges marad a közzétett térképekben szereplő joghatósági igények és az intézményi kapcsolatok vonatkozásában. Kiegészítő információk.